2009年12月，为了策应国家沿海开发战略，贯彻落实江苏省沿海地区发展工作会议精神，南通大学和启东市人民政府签订《关于共建南通大学启东校区的协议书》。校区占地面积1231亩，规划总建筑面积38万平方米。

2010年10月18日，校地双方又签订了《关于南通大学杏林学院迁址启东市办学的协议书》，奠定了双方共建的基础，也开创省内校地合作办学的新模式。经校地双方沟通协调，校区建设项目于2013年1月正式启动，共分四期工程。

2014年8月20日，占地1200余亩的启东校区正式启用，800余名来自南通大学杏林学院2014级的新生成为第一批入住校区的学生。

2018年11月30日，南通大学第三次党代会胜利召开，会议进一步提出以杏林学院整体搬迁为突破口，加快推进启东校区建设。

根据学校统筹安排，围绕2024级新生入驻启东校区的目标任务，2023年7月学校与启东国投公司签订协议，新建学生宿舍8#、9#楼及配套工程，2024年6月底竣工交付。

启东校区位于启东市高新技术产业开发区，东临黄海，西靠振海河，南北在海滨河和南海路之间，具有独特的区位优势。校区办学层次以本科办学为主，现有8个学院（含杏林学院）学生，在校生逾13000人。

经过十年建设发展，启东校区已逐步成为集生态式、花园式、数字式、海景式于一体的优美校园，可容纳万人办学规模。校区内建有大学生活动中心、标准体育场、室内体育馆、足球场、篮球场、羽毛球馆、乒乓球馆、健身房等学生活动场地，为启东校区的教育教学、师生基本生活提供了全面保障，为学校的长远发展奠定了坚实的基础。

启东校区紧密围绕启东及周边地区经济、社会发展的要求，设置相关专业，培养各类适用型人才，除开展全日制学历、学位教育为外，还适度开展非全日制学历教育、非学历教育与培训；开展订单式人才培养；建设校企合作研发中心、科技成果孵化中心、创意产业园等。未来的启东校区将是一个全方位、多功能办学的校区。

启东校区校园地图（点击跳转精准可视化地图）