为深入贯彻省市沿海开发战略部署，主动融入并服务地方经济社会发展大局，学校于2010年1月正式成立启东校区建设办公室，标志着启东校区建设工作的全面启动。随着办学事业的推进，为加强校区的统筹管理，2012年10月30日，经校长办公会审议、校党委常委会研究决定，成立启东校区管理委员会。
步入发展建设新阶段，根据学校事业发展需要，遵循“职责清晰、精简高效”的原则，2019年1月2日，校党委常委会决定将启东校区管理委员会更名为启东校区建设指挥部，专司校区建设职能。
2021年5月21日，为进一步深化内部治理改革，推动学校事业内涵式、高质量发展，经校党委常委会议研究，决定撤销启东校区建设指挥部建制，成立新的启东校区管理委员会，与杏林学院合署办公。同时，成立南通大学杏林学院（启东校区管委会）党委，实行一体化管理，开启了校区发展的新篇章。
启东校区管委会设置综合办公室（0513-83920047）、安全与督查办公室（0513-83920209）、服务保障办公室（0513-83920169）三个职能部门。
地址：江苏省启东市近海镇南海路1号