为贯彻落实省市沿海开发工作会议精神，主动服务地方经济社会发展，积极稳步推进启东校区建设，学校于2010年1月成立了启东校区建设办公室。2012年10月30日，为适应学校事业发展需要，经校长办公会讨论，校党委常委会研究决定，成立启东校区管理委员会。
2019年1月2日，根据学校“8050计划”和事业发展需要，按照“职责清晰、精简高效”的工作原则，经校党委常委会讨论通过，更名为启东校区建设指挥部，行使启东校区建设职能，撤销启东校区管理委员会。
2021年5月21日，为进一步深化内部治理改革，推动学校事业高质量发展，经校党委常委会议研究，撤销启东校区建设指挥部建制，成立启东校区管委会，与杏林学院合署办公；成立南通大学杏林学院（启东校区管委会）党委。
启东校区管委会设置综合办公室（0513-83920047）、安全与督查办公室（0513-83920209）、服务保障办公室（0513-83920014）三个职能部门。
地址：江苏省启东市近海镇南海路1号