2009年12月,为了策应国家沿海开发战略,贯彻落实江苏省沿海地区发展工作会议精神,南通大学和启东市人民政府签订《关于共建南通大学启东校区的协议书》。经校地双方沟通协调,校区建设项目于2013年1月正式启动,共分四期工程。目前,校区占地面积1231亩,总建筑面积23.2万平方米。

启东校区位于启东市高新技术产业开发区,东临黄海,西靠振海河,南北在海滨河和南海路之间,具有独特的区位优势。校区办学层次以本科办学为主,现有杏林学院43个专业,现有在校生8864人。

启东校区紧密围绕启东及周边地区经济、社会发展的要求,设置相关专业,培养各类适用型人才,除开展全日制学历、学位教育为外,还适度开展非全日制学历教育、非学历教育与培训;开展订单式人才培养;建立研究生工作站;建设校企合作研发中心、科技成果孵化中心、创意产业园等。未来的启东校区将是一个全方位、多功能办学的校区。